Viện Pasteur được Pasteur thành lập để duy trì cam kết của mình để nghiên cứu cơ bản và ứng dụng thực tế của nó. Ông đã tập hợp nhiều nhà khoa học với chuyên môn khác nhau. 5 bộ môn đầu tiên được chỉ huy bởi hai normaliens (tốt nghiệp sau đại học từ École Normale Supérieure): Emile Duclaux (trưởng nhóm nghiên cứu chung về vi sinh vật) và Charles Chamberland (nghiên cứu vi sinh ứng dụng trong hygiene), cũng như các nhà sinh vật học Ilya Ilyich Mechnikov (nghiên cứu hình thái vi sinh vật) và hai bác sĩ, Jacques-Joseph Grancher (bệnh dại) và Emile Roux (nghiên cứu công nghệ vi sinh). Một năm sau khi nhậm chức, ở viện, Roux đã thiết lập khóa học về vi sinh vật được giảng dạy đầu tiên trên thế giới, với tiêu đề Cours de Microbie Technique (khóa học về công nghệ nghiên cứu vi sinh). Từ năm 1891, viện Pasteur đã mở rộng ở nhiều nước trên thế giới, và hiện có 32 viện nghiên cứu ở 29 quốc gia trên thế giới.[28]